La Cour des comptes critique la gouvernance de la MSA

Faut-il réformer la gouvernance de la MSA ? Dans son rapport publié le 25 septembre 2025, la Cour des comptes remet en cause le caractère mutualiste de la MSA en particulier sur trois points : la surreprésentation des agriculteurs dans un régime de sécurité sociale désormais dominé par les salariés, le pouvoir des administrateurs sur les directions, et les risques de conflits d’intérêts lors de concertations locales sur des sujets parfois personnels.

Surreprésentation des agriculteurs

« La CCMSA (Caisse centrale de la Mutualité sociale agricole) met en avant les spécificités du monde agricole pour expliquer la surreprésentation des non-salariés dans les conseils d’administration, au détriment des salariés et de leurs employeurs », observe la Cour des comptes. Mais « cet argument souffre désormais du déséquilibre trop important et croissant ».

Les salariés représentent 64 % des affiliés, alors qu’ils n’ont que la minorité des sièges, pointe la Cour de comptes. Sur 28 administrateurs, 12 sont attribués aux salariés agricoles. C’est le collège avec le plus d’élus, (les non-salariés en ont 9 et les employeurs de main-d’œuvre, 6) mais il reste en infériorité numérique sur l’ensemble du conseil d’administration.

Au début de septembre, le duo exécutif à la tête de la Caisse centrale de la MSA avait justement été épinglé par le syndicat des salariés agricoles, la CFDT. Arrivé en tête des élections des délégués à la MSA, cette organisation syndicale estimait que le poste de la vice-présidence lui revenait de droit, poste qui a finalement été attribué à François Serpaud, cadre commercial chez Groupama, membre du syndicat de cadres CFE-CGC.

Et c’est le viticulteur François Fruttero (FNSEA) qui a été reconduit à la présidence de la MSA. « Il devient urgent de faire évoluer les modalités d’élection de la gouvernance de la CCMSA » pour garantir « une représentation plus juste et transparente de l’ensemble des affiliés », avait réclamé le syndicat.

Manque d’indépendance vis-à-vis des administrateurs

La MSA est un système mutualiste. Elle est dirigée par des conseils d’administration à chaque échelle (locale, régionale, nationale), dont les membres sont élus par les délégués de la MSA. Les administrateurs élisent ensuite le bureau de chaque caisse locale, et nomment leurs directeurs.

Cette spécificité agricole (les directeurs de caisses du régime général sont nommés par l’État) empêcherait, d’après la Cour des comptes, de « pouvoir conduire les réformes nécessaires ». Elle priverait « le directeur général de la CCMSA de la possibilité de nommer ou de révoquer un directeur local, et donc affaiblit fortement sa capacité à lancer des réformes ou même à piloter activement son réseau » dans un contexte où la Cour des comptes veut rendre la MSA plus efficace.

Des garde-fous ont tout de même été mis en place, d’après l’organisme de protection sociale. Désormais, chaque candidat au poste de directeur de caisse est reçu en amont par la direction générale, qui peut s’opposer à sa candidature.

À la MSA, on rappelle le double rôle de l’organisme : « À la fois organisme de protection sociale et organisation professionnelle agricole. » Cette double fonction implique des missions d’animation du territoire rural.

« Le modèle de gouvernance historique est pertinent », assure Stéphane Antigny, directeur du réseau des caisses de MSA à La France Agricole. Il est, selon lui, nécessaire d’avoir « une gouvernance avec des élus qui connaissent le territoire et qui puissent orienter les politiques de la MSA. »

Risques de conflits d’intérêts

La proximité des administrateurs et la concertation locale « originalité revendiquée du régime » expose à « un risque de collusion », s’inquiète la Cour des comptes. S’il existe des « obligations réglementaires de déclaration des doubles mandats, de déport de vote aux conseils et d’anonymisation des dossiers soumis aux commissions de recours amiable », les éléments de prévention des conflits d’intérêts « restent insatisfaisants » d’après les trois ministères en charge de la MSA (agriculture, budget, santé).

La Cour des comptes recommande d’intégrer des représentants des ministères de la sécurité sociale et du budget, en plus de ceux de l’agriculture pour prévenir ces confits d’intérêts. À la MSA, des réflexions sont en cours pour « garantir une transparence complète des décisions » prises en conseil d’administration afin d’en renforcer la démocratie.